El inventor del microscopio se llama Zacharias Janssen, a él se le atribuye la creación del primer microscopio compuesto (con dos lentes).
Zacharias Janssen habría inventado el primer microscopio en el año 1590, muy probablemente junto a su padre Hans Janssen. 
Zacharias Janssen pertenecía a una familia que se dedicaba a fabricar lentes. El primer microscopio compuesto producido por Janssen constaba de un tubo de 70 cm de largo y 9 cm de diámetro, y poseía dos lentes convexas, una a cada extremo del tubo.
Zacharias Janssen nació en la ciudad de Middelburg, en los Países Bajos, en 1588 y falleció en el mismo lugar en el año 1638.
También existe otra versión que señalaría a Galileo Galilei como el inventor del microscopio.
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